Curtea pavată din faţa bazilicii a fost amenajată de cruciaţi pe locul unde se afla atriumul cu colonade al bisericii.
Faţada bazilicii lui Iustinian avea trei porţi; două au fost zidite, dar sunt vizibile urmele. Poarta centrală a fost micşorată o dată de cruciaţi şi încă o dată de mameluci sau de turci pentru ca spărgătorii să nu poată intra călare s-au cu căruţe în bazilică. Intrarea este atât de joasă încât accesul nu este posibil fără să te încovoi.
La intrarea în bazilică, pe stânga, o uşă joasă duce spre atriumul bisericii franciscane Sfânta Ecaterina.
Patru rânduri de coloane din piatră împart bazilica în cinci naosuri. Coloanele monolitice făceau parte probabil din bazilica lui Constantin; pe partea superioară a coloanelor cruciaţii au pictat chipuri de sfinţi în stil oriental. De asemenea în unele puncte, sub nivelul actualei pardoseli din epoca lui Iustinian, se poate vedea pardoseala bazilicii lui Constantin cu mozaicurile respective. De o parte şi de alta a presbiteriului grec se găsesc cele două intrări la grotă în forma în care au fost amenajate de cruciaţi.
La intrarea în bazilică, pe partea dreaptă, se află cristelniţa octogonală pe care constructorii bazilicii lui Iustinian au aşezat-o lângă altar. Biserica, în structura sa, îşi păstrează toată frumuseţea şi nobleţea primordială. Modul în care a fost amenajat interiorul de către greci după un cutremur de pământ şi un incendiu din secolul trecut lasă impresia melancolică, după cum se exprimă un autor modern, a unui pom de Crăciun uscat şi despuiat.