Grota în care tradiţia creştină comemorează naşterea lui Cristos are lungimea de 12 m iar lăţimea şi înălţimea de 3 m.
„În vremea aceea a ieşit o poruncă de la Cezar August să se înscrie toată lumea. Înscrierea aceasta s-a făcut întâia dată pe când era dregător în Siria Quirinius. Toţi se duceau să se înscrie, fiecare în cetatea lui. Iosif s-a suit şi el din Galileea, din cetatea lui Nazaret, ca să se ducă în Iudeea, în cetatea lui David, numită Betleem – pentru că era din casa şi din seminţia lui David–să se înscrie împreună cu Maria, soţia lui, care era însărcinată. Pe când erau ei acolo, s-a împlinit vremea când trebuia să nască Maria. Şi l-a născut pe Fiul ei cel întâi născut, l-a înfăşat în scutece şi l-a culcat într-o iesle, pentru că în casa de poposire nu era loc pentru ei” (Lc 2,1-7).
În peretele din fundul peşterii se află o uşă care se deschide numai în timpul procesiunii franciscanilor. Ea pune în legătură Grota Naşterii Domnului cu o galerie de alte grote. Sfântul Ieronim, care îşi instalase locuinţa într-una din aceste grote, spune că îi auzea pe creştinii care se rugau în grota Naşterii Domnului. Într-o predică de Crăciun el regretă că ieslea originală a fost înlocuită: „Ah, dacă aş putea să văd acea iesle în care a zăcut Domnul! Acuma noi, cu intenţia de a-l onora pe Cristos am luat-o pe cea de pământ şi am pus una de argint; dar pentru mine cea care a fost luată este mai preţioasă. Aurul şi argintul sunt pentru păgâni; pentru credinţa creştină se potriveşte această iesle de pământ. Îl admir pe Domnul care, deşi era Creatorul lumii, nu s-a născut în aur şi argint, dar pe lut”.
Pereţii grotei, înnegriţi de fumul lumânărilor sunt căptuşiţi cu panouri de azbest ca măsură de apărare împotriva incendiului. În dreapta, cum priveşti spre altarul Naşterii, este mica grotă a magilor cu un altar în faţa ieslei; e singurul loc unde latinii pot celebra sfânta Liturghie.